Variante Omicron : 170 cas détectés, mais plus en réalité

Jean Castex a alerté les Français : « Il faut se préparer, car les variants finissent toujours par s’imposer ».

Actuellement, seuls 170 cas de la variante Omicron ont été identifiés en France, mais en réalité il y en a beaucoup plus. Le problème est que la surveillance des variantes françaises est beaucoup moins efficace que dans d’autres pays, comme le Royaume-Uni.

France: 170 cas de la variante Omicron identifiés

Comme l’a annoncé Gabriel Attal, 133 cas de la variante Omicron ont été officiellement identifiés en France depuis le début du mois. Le soir de l’annonce, le nombre de cas était déjà passé à 170, selon le récent tableau de bord de Santé publique France.

Après avoir reçu cette annonce, Jean Castex a alerté les Français : « Il faut se préparer, car les variants finissent toujours par s’imposer ».

Plus de cas liés à Omicron que ce chiffre officiel

Certes, à l’heure actuelle, ces chiffres semblent insignifiants par rapport aux presque 50 000 cas quotidiens de Covid-19 causés par la variante Delta. Mais ce sont précisément ces petits nombres qui doivent permettre d’anticiper l’arrivée de la variante Omicron, plus résistante aux vaccins que ses prédécesseurs.

Il ne faut pas oublier non plus que, comme la variante est une « nouveauté », il est plus difficile de la détecter. Comme Attal l’a dit lui-même, il y a probablement plus de cas liés à Omicron que ce chiffre officiel.

Mais comment détecter qu’un sujet positif est effectivement positif pour la variante Omicron ?

Pour détecter Omicron, le séquençage est actuellement nécessaire. Ainsi, un test PCR positif est effectué et l’ADN du coronavirus est séquencé dans les laboratoires, afin de détecter s’il présente ou non les mutations Omicron.

Le problème est que le taux de séquençage de la France est très faible. Dans la semaine du 22 au 28 novembre, seuls 5% des cas positifs de la même période (environ 11 000) ont été séquencés. Alors qu’au Royaume-Uni, par exemple, 59 126 génomes ont été séquencés sur 295 548 cas positifs au cours de la même semaine (environ 20 % du total).

En outre, les données dont dispose le public français ne donnent pas une image claire de la situation.

Certes, Santé publique France a récemment publié un décompte quotidien du nombre de cas, mais il est impossible de savoir quand le dépistage a eu lieu. Il est donc difficile de suivre l’évolution d’Omicron. L’agence précise que ce suivi est réalisé en interne avec une surveillance renforcée, mais ces éléments ne sont, pour le moment, pas disponibles pour le public.

Un autre problème est que le séquençage est une méthode lente de toute façon. Même au Royaume-Uni, qui séquence beaucoup et où le variant Omicron est en croissance exponentielle, les chiffres arrivent une semaine après la détection du cas.

Tests PCR de dépistage

On a donc tenté de résoudre cette situation par des tests PCR de dépistage. En fait, certaines variantes provoquent une petite « erreur » dans le test, liée à certaines mutations. Cette erreur permet de suspecter la présence d’une certaine souche.

C’est ce qui avait été fait pour le variant Alpha. Puis, quand Delta est arrivé, Santé publique France a changé sa technique de criblage afin de s’adapter au nouveau génome de ce variant.

Il faut tenir compte du fait qu’à l’époque, le changement de technique dans les laboratoires était laborieux et pas assez rapide pour suivre la progression du virus.

Aujourd’hui, Santé publique France a encore changé de criblage afin de cerner plus spécifiquement des mutations permettant de suspecter la présence d’Omicron. Et comme en juin avec Delta, cela a entraîné un dysfonctionnement dans la publication de ces données de suivi.

Alors quel est le moyen le plus efficace de détecter Omicron ?

Dans sa dernière mise à jour hebdomadaire publiée le 9 décembre, Santé Publique France a déclaré que 1% des tests testés présentaient l’une des trois mutations qui rendent Omicron suspect. Toutefois, il convient de noter que ces mutations peuvent également se produire par hasard.

Le moyen le plus efficace de mieux identifier un éventuel foyer de la variante en France serait donc d’augmenter le nombre de tests effectués.