« Cela nous sert à mimer l'entrée d'Omicron dans les cellules pour observer la réaction des anticorps et étudier par exemple l'efficacité des vaccins ».
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Après la découverte de la nouvelle variante de Covid-19 le 25 novembre en Afrique australe, les virologues et les chercheurs en biologie du monde entier ont entamé une course contre la montre pour comprendre les secrets d’Omicron.
La course pour découvrir les spécificités d’Omicron, nouvelle variante de Covid-19
La variante, initialement nommée B.1.1.529, a été qualifiée de « préoccupante » par l’OMS (Organisation mondiale de la santé) en raison de ses nombreuses variations. Cela suggère une transmissibilité accrue et une efficacité réduite des vaccins.
L’objectif est donc de séquencer le virus le plus rapidement possible et comprendre ses caractéristiques réelles, au-delà des spéculations.
Pourquoi le séquençage ?
Le séquençage est le processus qui permet d’obtenir la carte d’identité génétique du virus. Il permet de comprendre toutes les caractéristiques de la variante Omicron.
La séquence a déjà été mise en ligne par le laboratoire sud-africain qui a identifié la variante, sur une base de données (Gisaid) à laquelle peuvent accéder les chercheurs du monde entier.
« C’est grâce à la séquence que nous pouvons déterminer les mutations et le profil du virus », a expliqué Olivier Schwartz, directeur de l’unité virus et immunité à l’Institut Pasteur.
« La séquence va permettre d’identifier où se trouvent les mutations : est-ce à des endroits de contact avec le récepteur ACE2, qui sert de porte d’entrée du virus dans notre corps ? Est-ce dans des zones qui permettent d’échapper aux anticorps ? »
Schwartz a indiqué qu’en comparant le séquençage des variantes Delta et Omicron, une trentaine de mutations ont déjà été identifiées dans la protéine Spike, qui permet au virus d’accéder à nos cellules.
Le problème est que les anticorps produits par les vaccins Covid-19 actuellement utilisés ciblent la forme de la protéine Spike telle qu’elle apparaissait dans la souche originale, et donc une forme différente de celle présente sur Omicron. Cela pourrait signifier que les vaccins sont moins efficaces sur cette nouvelle variante.
Étude de la réaction des anticorps
L’importance du séquençage réside aussi dans le fait que, grâce à lui, certains laboratoires peuvent réaliser des expériences même sans disposer d’un échantillon de virus.
En effet, en suivant le séquençage, les laboratoires « peuvent synthétiser les gènes et les réintroduire dans leurs systèmes expérimentaux », a exposé le virologue Etienne Decroly, directeur de recherche au CNRS.
Il est donc possible de répliquer la protéine Spike présente sur Omicron, mais en la dissociant du virus lui-même. C’est ce qu’a fait l’Institut Pasteur, en faisant produire cette protéine particulière par des virus bénins (lentivirus).
« Cela nous sert à mimer l’entrée d’Omicron dans les cellules pour observer la réaction des anticorps et étudier par exemple l’efficacité des vaccins », a détaillé Olivier Schwartz.
Les fabricants de vaccins participent aussi à l’étude
« La première chose que les chercheurs vont faire est d‘observer si les anticorps produits par l’organisme après une vaccination ou une infection au Covid-19 sont efficaces pour bloquer l’entrée d’Omicron dans les cellules », a expliqué Sandrine Sarrazin, chargée de recherche Inserm au Centre d’immunologie de Marseille-Luminy.
Les scientifiques des laboratoires pharmaceutiques qui produisent des vaccins anti-Covid – Pfizer, BioNTech et Moderna, par exemple – se concentrent sur cette étude.
Avant de lancer les essais cliniques, ces entreprises observeront l’interaction des nouvelles variantes avec le sérum des patients ayant reçu une, deux ou trois doses, puis évalueront l’efficacité des anticorps en fonction de la situation.
Pfizer e BioNTech ont déclaré vendredi s’être « préparés il y a plusieurs mois à ajuster leur vaccin en moins de six semaines et à livrer les premières doses en 100 jours » si un variant s’avérait résistant aux anticorps produits par les vaccins actuels.
Des tests sont également effectués sur des animaux : des souris génétiquement modifiées pour ajouter le récepteur ACE2 auquel se lie le Covid-19 ; ou des hamsters dorés syriens, naturellement sensibles au virus.
« Cela passera par l’observation dans la vie réelle »
Cependant, la plupart des études sur la dangerosité d’Omicron seront réalisées en examinant les statistiques des personnes infectées par la variante.
Les tests permettront également d’évaluer la transmissibilité du virus et, par conséquent, sa capacité à supplanter Delta.
« Chaque test PCR positif remonté dans la plateforme gouvernementale Sidep, s’il a fait l’objet d’un test de criblage, nous permet de savoir si trois mutations, appelées E484K, E484Q et L452R, étaient ou non présentes dans le virus détecté chez le patient », a exposé Florence Débarre, chercheuse en biologie évolutive au CNRS.
« En fonction de la combinaison de ces trois mutations, on arrive à suspecter la présence d’un variant particulier. Par exemple, si les deux premières mutations sont absentes et la dernière présente, on a une suspicion de Delta, et si les trois sont absentes, on a une suspicion d’Omicron ».
De plus, les données fournies par le gouvernement ne sont pas suffisantes pour connaître le degré de gravité des cas liés à une variante particulière.
« Malheureusement, cela passera par l’observation dans la vie réelle. Ce sont les médecins qui verront arriver les patients à l’hôpital qui permettront d’avoir un premier aperçu de la dangerosité du variant Omicron », a soupiré Sandrine Sarrazin.
Mais l’avenir n’est pas tout noir
Etienne Decroly, directeur de recherche au CNRS, a conclu en donnant de l’espoir :
« Il n’est pas exclu qu’Omicron soit plus contagieux mais moins pathogène que les précédents variants. S’il était moins offensif, il pourrait se transformer une sortie de crise, en permettant aux patients infectés de développer des anticorps adaptés ! »
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