Le DFCO fut fondé le 29 avril 1998 de la réunion du Cercle Dijon Football, mais également du Dijon FC.
Il fut tout d’abord dirigé par Noël Tosi qui réalisa un bon parcours en championnat.
Puis, il faudra attendre 2004 pour que le DFCO réalise de nouveau un grand parcours en éliminant Lens, Reims mais également Saint-Etienne étant alors demi-finaliste de la Coupe de France et passant également en Ligue 2.
Enfin, malgré le manque de moyens et d’infrastructures, le DFCO arrive 4e lors de sa première saison en Ligue 2, puis 5e lors de la suivante.
Depuis ce jour, l’ambition du club est d’arriver en Ligue 1.
Les saisons suivantes furent plutôt mitigées, notamment en 2008-2009 où le club arriva non loin de la fin du tableau malgré l’arrivée de l’international Eric Carrière au sein de l’équipe.
Il faudra alors la saison 2010-2011 pour voir de nouveau le club DFCO dans le haut du classement et ainsi jouer la montée.